Claude Science 치트시트

연구자용 워크벤치. 노트북·커넥터·클러스터. · 전체 내용은 https://github.com/bellx3/claude-code-cheat-sheet 배포본 /ref/science/
생성 2026-08-20 · 3ac0537
항목 96 / 192
출력: A3 가로 · 여백 최소 · 배경 그래픽 켜기

Claude Science란

[위험] 연구 도구 — 임상·진단 용도 아님. 리뷰어는 오류를 줄일 뿐 없애지 못하므로 결과는 반드시 직접 검증

시스템 요구사항

플랜Pro/Max/Team/Enterprise (Free 불가)
macOS13 이상 (Apple Silicon/Intel)
Linuxx64 glibc 배포판 (arm64·Alpine 불가)
디스크약 5GB (런타임+기본 환경)
Linux 필수socat, bubblewrap 0.8.0+, 비특권 유저 네임스페이스
[주의] 네이티브 Windows 빌드 없음 — WSL2 사용

설치

[주의] 브라우저 탭에서 열리지만 로컬 앱 — 공개 URL 없음. API 키 불필요

Windows (WSL2)

[주의] WSL 1 불가, Ubuntu 24.04 이상 필요. wsl --shutdown 시 앱도 종료

핵심 개념 (용어집)

Project관련 세션·산출물 묶음. custom instructions와 폴더 권한이 세션 간 유지
Session프로젝트 내 대화 스레드 1개. 자체 kernel·workspace 보유
ArtifactClaude가 저장한 파일. Files view에 표시, 영구 보존
Workspace아티팩트 저장 전 코드가 읽고 쓰는 세션별 폴더
Kernel변수를 메모리에 유지하는 살아있는 Python·R 프로세스
Environmentconda 기반 명명된 패키지 세트, 세션 간 재사용
Version아티팩트의 불변 저장본 — 덮어쓰지 않고 위에 쌓임
Execution log해당 아티팩트 버전을 만든 노트북 셀 구간
Data directory~/.claude-science — DB·아티팩트·워크스페이스·로그

UI 조작 & 컴포저 단축키

@아티팩트·업로드 파일 삽입
#과거 세션 삽입
/스킬 삽입 (스킬 피커)
Cmd/Ctrl+K검색 (프로젝트 설명까지 매칭)

실행 환경 & 패키지

[주의] apt·sudo·root 없음 — 패키지가 없으면 conda-forge 컴파일러로 소스 빌드

아티팩트 & Provenance

[주의] Execution Log가 실행의 권위 있는 기록 — Code 탭과 불일치하면 로그를 신뢰. ~/.claude-science 내부 파일 직접 이동·삭제 금지

CLI 서브커맨드

serve실행 + 1회용 로그인 링크 열기
open새 로그인 링크 발급 후 브라우저 열기
url새 로그인 링크만 출력 (SSH용)
status실행 여부·버전·포트 JSON 출력
logs [--tail]로그 출력 / 실시간 추적
stop정상 종료
update [--check]업데이트 (--to <ver>로 롤백)
import <path>다른 데이터 디렉터리 병합
--version버전 출력
[위험] import는 미리보기·되돌리기 없음 — 사전 백업 필수

serve 플래그

--port <n>기본 8000 (0=자동 할당)
--no-browser브라우저 자동 오픈 안 함
--detached백그라운드 실행
--no-auto-update자동 업데이트 끄기
--host <addr>기본 127.0.0.1 (변경 시 네트워크 노출)
--base-path </prefix>리버스 프록시용
--allow-origin <url>허용 오리진 (반복 지정)
--sandbox-port <n>기본 port+1, HTML 미리보기용
--verbose상세 로그
[위험] --dangerously-no-sandbox(홈 전체 접근+무제한 네트워크) · --dangerously-skip-approvals(모든 승인 자동)

원격 Linux 서버 (SSH 터널)

[주의] 미리보기 포트(8001)를 안 열면 인터랙티브 차트가 정적 스냅샷으로 표시

Featured 커넥터 (기본 ON·읽기전용)

GenomesEnsembl(VEP), UCSC
Genes & OntologiesMyGene, UniProt, GO, Reactome, OLS
VariantsgnomAD, ClinVar, dbSNP
Human GeneticsGWAS Catalog, eQTL Catalogue, FinnGen, BioBank Japan
Clinical GenomicsClinGen, CIViC, Open Targets
ExpressionGTEx
RegulationENCODE, JASPAR, UniBind
Protein AnnotationInterPro, Pfam, Human Protein Atlas, STRING
StructuresPDB, AlphaFold, EMDB, Complex Portal, IntAct
RNARfam
Omics ArchivesGEO, ArrayExpress, PRIDE, MGnify, MetaboLights
Cancer ModelscBioPortal
ChemistryPubChem, ChEBI, Rhea, BindingDB
Drug RegulatoryFDA drug data, openFDA
Literature GraphOpenAlex, arXiv
Research ResourcesGrants.gov, Antibody Registry
[주의] 일부 DB는 비상업/출처표기 라이선스 — 사용 전 확인

기본 제공 스킬

워크플로우literature review, indication dossier
구조예측·폴딩AlphaFold2, Boltz-2, Chai-1, ESMFold2, OpenFold3
단백질 설계ProteinMPNN (Ligand/Soluble 포함)
도킹DiffDock
단백질 언어모델ESM-2
유전체·시퀀스Evo 2, Borzoi
단일세포scGPT, scvi-tools

SSH / Slurm 클러스터

[위험] 원격 잡은 샌드박스 밖 — 내 계정 권한 전체로 실행됨. 호스트엔 아무것도 설치하지 않음

외부 컴퓨트 (Modal)

[위험] 지출 상한 없음 · 과금은 Modal이 직접 청구 · 앱 종료해도 잡은 계속 과금

클라우드 스토리지 (S3/GCS/Azure)

[주의] GCS는 HMAC key + boto3 또는 import/export만 가능 — gsutil·gcloud storage·google-cloud-storage는 path-style이라 차단됨

문헌 접근

Elsevier API key+ institutional token (구독 필요)
Springer Nature keySpringer 경로 활성
Semantic Scholar key해당 단계 가속
NCBI API keyPubMed 3→10 req/s
CORE API key오픈액세스 aggregator
EZproxy URL + 쿠키도서관 경유 재시도
OpenAlex API key매 요청 필수 (무료 발급)
[주의] 어떤 키도 페이월을 우회하지 않음. Unpaywall 단계는 Settings > General > Contact email 공유해야 작동

커스텀 MCP 커넥터

[위험] Local 커넥터 환경변수는 암호화 없이 설정 파일 저장 — 고가치 시크릿 금지. Skip approvals는 신뢰하는 개발자만

승인 범위 (권한 카드)

Once이번 한 번만
This conversation현재 세션 동안
This project이 프로젝트 전체
Global모든 프로젝트

config.toml

[주의] 미러 값이 잘못되면 앱이 시작되지 않음. 파일 값이 Settings보다 우선(“조직 관리” 표시)

환경 변수

DO_NOT_TRACK텔레메트리 끄기(값 무관)
GITHUB_TOKENapi.github.com 레이트리밋 완화
HTTPS_PROXY / HTTP_PROXY프록시 (설정파일보다 우선)
NO_PROXY / ALL_PROXYNO_PROXY는 설정 키와 병합

데이터 취급 (local-first)

[위험] 폴더 삭제 = 모든 프로젝트·아티팩트·대화 영구 삭제. Custom Data Retention·Compliance API는 로컬 데이터에 미적용 → MDM/EDR로 관리

플랜 & 조직 활성화

Free사용 불가
Pro / Max기본 켜짐
Team / Enterprise기본 꺼짐 — Owner가 활성화
[위험] Owner/Primary Owner만 가능(Admin 불가). HIPAA 조직도 기본 꺼짐이며 켜도 BAA 미적용·PHI 사용 금지

방화벽 허용 도메인 (443)

[주의] 미러 트래픽은 프록시를 거치지 않고 직접 연결 — 프록시 허용목록만으로는 환경 빌드가 안 되고 로그에도 안 남음